La chiesa originaria di Francavilla fu edificata intorno al XIII secolo, sopra un tempietto preesistente, e fu dedicata a San Franco taumaturgo.
Della chiesa di San Franco si hanno testimonianze notarili e papali.
La parrocchia fu bruciata dai Turchi nell'estate 1566 durante un tremendo attacco, e fu ricostruita. È citata per una fiera dedicata alla Madonna nel 1307.
Quando i beni di San Giovanni in Venere passarono ai padri Filippini, questi nel 1624 la cedettero a Marsilio Peruzzi arcivescovo di Chieti. La chiesa nell'estate 1566 fu incendiata dai Turchi che attaccarono Francavilla, ma l'ostensorio di Nicola da Guardiagrele fu preservato.
Il padre Serafino Razzi domenicano nel 1574 vi fondò la Confraternita del Santissimo Sacramento per i riti della Settimana Santa. Nel 1755 Coi loro fondi, la chiesa fu ampliata nuovamente.
Nel settembre 1881 fu lievemente danneggiata dal terremoto di Orsogna (Ch) e il campanile restaurato. I disastrosi combattimenti tra tedeschi e americani nel 1943-44 la rasero al suolo. Fu minata interamente dai nazisti nel dicembre 1943 insieme al resto del centro storico.
Da mappe catastali, da fotografie del primo Novecento, nonché nelle illustrazioni del pittore Francesco Paolo Michetti, è possibile vedere l'antico aspetto della chiesa.
Dopo la distruzione quasi totale di Francavilla durante la seconda guerra mondiale, si decise nel 1946-47 di dotare Francavilla di una nuova grande chiesa, eretta sopra i ruderi di San Franco. L'edificio fu progettato dall'architetto internazionale Ludovico Quaroni negli anni immediatamente precedenti il Concilio Vaticano II.